Penyakit pepaya ini sebenarnya juga banyak, akan tetapi sebagian besar tidak membahayakan kehidupan dari pohon tersebut, maka kita juga akan menguraikan bagian-bagian yang terpenting saja.
1. Jamur Pythium Sp
Penyakit ini menyerang pada leher akar ataupun bagian akar. Akibat dari serangan ini maka akar pepaya akan dapat membusuk. Biasanya biang keladi dari datangnya penyakit ini adalah kurang baiknya dari pembuangan air hingga banyak air yang menggenangi akar. Pemberantasannya Penyakit ini tidak ada jalan lain untuk memberantasnya, kecuali dengan jalan memperbaiki got-got dan pembuangan airnya yang berada di dalam kebun itu sendiri. Kalau sudah ada gotnya maka got itu perlu diperdalam.
2 .Bakteri Papayae
Penyakit ini menyerang pada daun pepaya, hingga kelihatan mengering. Bakteri ini menyerang mulai dari pinggir daun. Terutama daun yang masih muda. Penyakit ini sudah berjangkit di kebun pepaya
yang berudara lembap.
Pemberantasannya
Beri kesempatan matahari masuk dan bersinar langsung hingga keadaan kebun tidak menjadi lembap lagi.
3. Virus
Penyakit ini menyerang daun hingga daun itu sendiri menjadi keriting, berbintik-bintik dengan warna kuning. Daunnya kelihatan cengkong dan tangkainya layu hampir terkulai ke bawah. Bila hal ini dibiarkan maka seluruh pohon akan mati. Adapun virus ini dipindahkan dari satu pohon ke pohon lainnya oleh kutu-kutu daun yang sering dikenal dengari nama kutu aphis. Pemberantasannya Untuk pemberantasan penyakit ini memang belum diketahui secara langsung, akan tetapi ada usaha pencegahan atau tindakan preventifnya, yaitu:
- basmi pohon yang telah terserang virus ini.
- basmi kutu-kutu aphis yang kelihatan pada daun-daun pepaya, dengan mempergunakan insektisida. Akan tetapi penyakit ini di Indonesia hampir dikatakan tidak ada, namun untuk Trinidad, penyakit ini sangat merajalela, hingga banyak membunuh pohon-pohon pepaya yang sedang berbuah maupun yang sedang berkembang.