Untuk mendapatkan benih yang baik, maka kita harus mencari biji kopi dari pohon yang baik, biji dipilih yang telah kering serta masak, dan dari klon-klon tertentu yang berkualitas. Kita juga harus menghindarkan biji-biji yang berlubang atau terserang bubuk, juga biji yang tidak normal, baik itu terlalu kecil maupun terlalu besar.Mula-mula, biji yang kita pilih dikupas, mempergunakan tangan atau kaki, boleh juga memakai handpulper, asal saja kita bisa menjaga betul-betul agar kulit tanduk tidak rusak. Jadi yang dibuang hanya kulit dan daging buah.
Setelah mendapat biji yang ada kulit tanduknya, maka biji tersebut harus kita hilangkan lendirnya hingga bersih. Cara menghilangkan lendir itu dengan jalan digosok menggunakan abu dapur lalu dicuci dengan air. Setelah itu biji tersebut kita angin-anginkan, tapi jangan dijemur di bawah sinar matahari.
Lamanya kita mengangin-anginkan biji tersebut kurang lebih tiga hari. Setelah itu kembali kita mengadakan penyortiran lagi. Biji yang pecah ataupun yang kurang baik, misalnya berbubuk ataupun tidak normal, harus kita buang.
Begitu benar-benar mendapatkan bibit yang baik, barulah biji-biji itu boleh kita semaikan di persemaian. Akan tetapi kalau waktu persemaian belum tiba, biji-biji tersebut dapat kita simpan. Cara penyimpanan biji atau benih tersebut ada caranya tersendiri. Sebab kita harus menjaga dan mempertahankan kadar air agar tidak cepat menurun. Juga benih tersebut jangan sampai terserang penyakit bubuk.
Kalau akan disimpan dalam waktu yang cukup lama, maka bibit-bibit tersebut terlebih dahulu harus di desinfeksi. Desinfeksi dilakukan dengan fumigasi, dengan menggunakan minyak terpentin untuk keperluan tersebut maka kita membutuhkan sebuah peti kayu, ukurannya 50 x 50 x 50 cm dan dapat ditutup rapat.
Benih kopi tersebut ditebarkan berlapis-lapis hingga tebalnya 5 cm, di atas kain lap yang terlebih dahulu telah kita beri terpentin dengan dosis 1 cc per 100 cm2 dari luas kain lap. Jadi kalau saja luas lap itu 50 x 50 cm2 sama dengan 2.500 cm2. Maka masing-masing lap harus diberi 25 cc minyak terpentin. Setelah itu peti harus ditutup rapat-rapat.
Desinfeksi itu berlangsung selama 3 x 24 jam dan setelah itu benih-benih tersebut dikeluarkan dari dalam peti serta diangin-anginkan lagi selama 3 jam, hal ini untuk menghilangkan bau dari minyak terpentin itu sendiri.
Setelah di angin-anginkan maka benih tersebut di campur dengan serbuk arang yang dibasahi air. Adapun perbandingan yang ideal adalah:
1) 3 kg benih kopi.
2) 1 kg serbuk arang.
3) 150 cc air.
1) 3 kg benih kopi.
2) 1 kg serbuk arang.
3) 150 cc air.
Caranya serbuk arang dibasahi dulu dengan air hingga merata, kemudian barulah dicampurkan dengan benih-benih kopi. Setelah itu semuanya maka benih kopi tersebut dimasukkan ke dalam karung goni. Untuk menyimpannya carikanlah tempat yang gelap dan sejuk. Lebih baik lagi kalau karung-karung benih tersebut diletakkan di atas rak yang di bawahnya ada tempat yang diisi dengan air. Dengan demikian kelembaban udara kurang lebih 90 %, dengan temperatur antara 25 sampai dengan 26°C. Dengan cara ini maka benih-benih kopi tersebut dapat disimpan selama 6 bulan dengan daya tumbuh sebesar 70 - 80 %.